Con el Tata Martino

 Messi tuvo un inicio irregular de la temporada con el nuevo entrenador Gerardo Martino.[cita requerida]

El 10 de noviembre, en un partido contra el Betis en el estadio Villamarín, sufrió la tercera lesión de la temporada cuando se lastimó el bíceps femoral izquierdo, lo que lo dejó fuera de juego por dos meses. A pesar de sus lesiones, quedó en segundo lugar en la votación del Balón de Oro, lo que terminó su ventaja de cuatro años seguidos sobre Cristiano Ronaldo.

El 13 de marzo de 2014, el Barcelona le ganó 4-3 al Real Madrid con un hat-trick de Messi, que sumó así 21 goles y superó a Di Stéfano (18) como goleador histórico de El Clásico.

Por primera vez en cinco años, el Barcelona terminó la temporada sin un gran trofeo: el 9 de abril, quedó eliminado en cuartos de final de la Liga de Campeones tras perder 1-0 contra el Atlético de Madrid, fue derrotado 2-1 el 16 de abril en la final de la Copa del Rey por el Real Madrid y, el 17 de mayo, perdió la Liga al empatar 1-1 en el último partido ante el Atlético de Madrid.​ En los dos primeros partidos, Messi jugó muy por debajo de su nivel.

Tras prolongaas especulaciones sobre su futuro con el club,[cita requerida] renovó en mayo su contrato hasta 2018, que aumentó su paga a 20 millones de euros brutos anuales, el salario más alto en el fútbol   

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